En mærkelig tentacled væsen pludselig fordampet 70% af månen i en eksplosion. Det kan luske rundt på 20 gange hastigheden af lyd; det har også en 10000000000 ¥ pris på hovedet. Men en eller anden grund, det endte med at blive en lærer for en mellemskole klasse i begyndelsen af skoleåret. De studerende har nu indtil eksamen at myrde deres lærer, eller det vil ødelægge jorden så godt.

Angel Beats foregår i efterlivet og fokuserer på Otonashi, en dreng, der mistede sine minder om sit liv efter døden. Han er indskrevet på efterlivsskolen og møder en pige ved navn Yuri, der inviterer ham til at deltage i Afterlife Battlefront - en organisation, hun leder, der kæmper mod Gud. Battlefront-kampen mod elevrådets præsident Angel, en pige med overnaturlige kræfter.