Forretningsmanden Paul Racine er i Japan, da han ved et tilfælde overværer en Ninjas mord på kvinden Kirina. Som om det ikke var slemt nok, så ser han Ninjaens ansigt, og det kan den trænede lejemorder bestemt ikke leve med. Pludselig er Racines liv forvandlet til en evig flugt fra en gruppe meget determinerede og veltrænede Ninjaer.

Banebrydende direktør Mamoru Oshii fortsætter med at skubbe grænserne for kunst og anime med dette universelt anerkendte cyber thriller efter cyborg detektiv Batou som han forsøger at optrævle begrundelsen for en morderisk robot oprør i år 2032. En søgen efter en morder, der bliver et sind bøjning søge efter meningen med livet.