Ved 2039, havde den globale opvarmning forårsaget vandstand til at stige og store mængde af territorium til at være tabt. Som om svar, en mystisk gruppe af krigsskibe klædt i tåge, "Fleet of Mist", dukkede op i hvert hjørne af havet, og begyndte at angribe menneskelige skibe. På trods af menneskeheden mønstring al deres styrke, blev de aldeles besejret af Mist overvældende kraft. Alle af menneskehedens handelsruter blev blokeret af flåden af ​​Mist, deres politiske økonomi blev ødelagt, og den menneskelige race blev støt slået ned. Syv år senere, Fleet of Mist ubåd I-401 vises, før kadet Gunzo Chihaya. Den menneskelignende livsform at piloter den sub, hvem der skal være deres fjende, i stedet tilbyder sine tjenester til menneskeheden

En original animeserie om Nagate, en ung dreng af ringe stand, der er født i et samfund af genetisk modificerede mennesker. For 1000 år siden flygtede de fra Jordens undergang og bor nu på det store rumskib Sidonia. Da det viser sig, at Nagate er en dygtig pilot, bliver han en af Sidonias elitesoldater i kampen mod de fremmede, formskiftende Gauna-monstre, der vil udrydde menneskeheden. Serien er baseret på den populære japanske mangaserie.

Ti år er gået siden slutningen af Bakumatsu, en æra af krig, der oplevede borgernes oprør mod Tokugawa-shogunatet. De revolutionære ønskede at skabe en tid med fred og et blomstrende land fri for undertrykkelse. Meijis nye tidsalder er kommet, men fred er endnu ikke opnået. Sværd er forbudt, men folk myrdes stadig i gaderne. Forældreløse børn af krigsveteraner har ingen steder at tage hen, mens regeringen synes tilfreds med bare at fylde deres lommer med penge.

Angel Beats foregår i efterlivet og fokuserer på Otonashi, en dreng, der mistede sine minder om sit liv efter døden. Han er indskrevet på efterlivsskolen og møder en pige ved navn Yuri, der inviterer ham til at deltage i Afterlife Battlefront - en organisation, hun leder, der kæmper mod Gud. Battlefront-kampen mod elevrådets præsident Angel, en pige med overnaturlige kræfter.