Engang i fremtiden er Jorden næsten blevet overtaget af aliens. Som en sidste udvej sendes pigen Milly tilbage til fortiden (oktober 2002) for at stoppe aliens'ne, da de først ankom til Jorden. Her støder hun på Miyamoto, en ensom lejemorder/hævner. Milly får brug for hans hjælp, hvis hendes mission skal lykkes. Men først skal hun lige overbevise ham om, at hun ikke er skør!

Der er gået tre år, siden de overlevende fra Battle Royale, Nanahara og Nakagawa, flygtede fra øen, og verden er gået ind i en æra med terror. Nanahara er leder af terroristgruppen "Wild Seven", som er på flugt fra den internationale ordensmagt. Gruppen er modstandere af BR og myndighederne og har erklæret krig mod de voksne, der tvinger unge til at myrde hinanden i BR-kampe. Nanahara bliver anklaget for at være hjernen bag ødelæggelsen af Capitolium. I retfærdighedens navn har de voksne nu tvunget en ny lov mod terrorisme igennem, nemlig Millennium Anti-Terrorism Act - eller Battle Royale II. 42 elever fra afgangsklassen er på vej på skiferie, da de bliver bortført af militæret. Eleverne bliver tvunget til at bære dødelige elektroniske halsbånd og får valget mellem at eliminere Nanahara eller dø. En af eleverne vægrer sig ved at deltage i jagten på Nanahara, og han bliver straks dræbt af et dødeligt stød fra halsbåndet. Det samme sker for endnu en elev, så nu er de kun 40 tilbage...