Satoshi og hans venner rejser til LaRousse, hvor de møder en dreng ved navn Tooi der er bange for Pokemon på grund af en hændelse, der skete fire år tidligere. I mellemtiden, Deoxys, en Pokémon fra rummet, er opstået, sætte en barriere rundt i byen og kidnapning mennesker. Rayquaza, en Pokémon, der lever i atmosfæren, kommer til at bekæmpe den.

Når en maskine, der gør det muligt for terapeuter til at indtaste deres patienters drømme bliver stjålet, bryder helvede løs. Kun en ung kvindelig terapeut kan stoppe det: Paprika.