Azumi mister sine forældre under det krigskaos, der hærger Japan i Shogun-perioden. Hun bliver fundet og opfostret sammen med ni andre forældreløse børn af Ji, som bliver deres mester og mentor. Shogunen er ked af, at så mange uskyldige liv går tabt i den meningsløse krig, og han har givet Ji til opgave at oplære dem til lejemordere, som skal udrense krigsherrerne, inden de går i felten. Efter 10 års møjsommelig træning og hård disciplin får Azumi og de ni andre forældreløse til opgave at myrde de mægtige krigsherrer Nagamaso Asano og Kiyomasa Katoh. Inden de skal ud og slagte fjenderne, bliver de sat på en prøve, der får Azumi til at tvivle på sagen. De bliver sat sammen parvis og får besked på at kæmpe, indtil den ene dør. Azumi og hendes venner fortsætter ufortrødent med at kæmpe uden anelse om, hvilke frygtelige blodsudgydelser der venter dem forude...

Unge snigmordere Azumi og Nagara fortsætte deres mission for at forhindre en borgerkrig. I deres jagt på Masayuki Sanada, som er beskyttet af både en hær og en farlig klan, de mødes Ginkaku, en person, der viser en bemærke lighed med tidligere ven Nachi.

I en dystopisk fremtid er Tokyos politistyrke blevet privatiseret og den nye ordensmagt styrer millionbyen med hård hånd. Men det bobler i underverdenen, hvor der pludseligt er begyndt at dukke morderiske og blodtørstige mutanter op. Med superkræfter og livsfarlige våben udgør de en alvorlig trussel mod byens indbyggere og politi. Men Tokyo Police Corporation har heldigvis deres eget våben: Politichefens plejedatter Ruka. Selvdestruktiv og iskold er hun vokset op som byens mest dødbringende og effektive mutantjæger...

Rin er en helt normal pige – eller sådan ser det i hvert fald ud. Men på hendes 16 års fødselsdag afslører hendes far en hemmelighed for hende: Rin er en mutant med helt særlige evner. Kort tid efter myrdes hendes forældre, og den traumatiske oplevelse sætter skub i Rins fremadskridende mutation. Hendes krop forvandles til et dødbringende våben, og hun optages i en gruppe af mutanter, der kæmper mod menneskeheden. Men Rin indser, at kampen mellem mutanter og mennesker er meningsløs, og sammen med sin veninde Yoshi prøver hun at genoprette verdensfreden...

Ingen ved, hvor de kommer fra. De bosætter sig som parasitter i deres menneskelige værter og tager kontrol over dem, inden værterne forvandles til de gruopvækkende monstre Necroborgs. Yuji og Kaoru, der begge bærer på deres egne mørke hemmeligheder, fanges i denne vanvittige kamp. Hvad vil skæbnen bringe dem?