Section 9 får hænderne fulde da "The laughing man", en berygtet cyber terrorist som har holdt lav profil i de sidste 6 år pludselig dukker op igen. Aramaki tror at politiet hovedmistænkte er en lokkedue, og han beordrer derfor sine folk til at undersøge sagen nærmere. Major Motoko Kusanagi er grundet "The Laughing mans" seneste trussel, imidlertid på en opgave for at beskytte politiets general direktør ved en presse konference. Dette bliver begyndelsen på Section 9's mange møder med "The Laughing man". I mellemtiden har de fået til opgave at pågribe en udenlandsk revolutionær og samtidig sætte en stopper for det der ligner en organ smugler ring. Majoren og Section 9 er stærkt besluttet på at få disse kriminelle pågrebet!