En morgen opdager en øjenlæge at han er blevet blind. Det samme er sket for en række andre personer i byen og de sættes i karantæne af myndighederne. Lægens kone kan stadig se, men foregiver at være blind for at kunne følge sin mand. Snart har epidemien ramt så mange, at samfundets orden bryder sammen og erstattes af lovløshed. Lægens kone forsøger at hjælpe en gruppe på syv personer på flugt fra det isolerede hospital.

Efter 50 år med en sønderlemmende krigsførelse mellem Europa og Det Større Østlige Forbund, dannes det nye kontinent Eurasia. Der er ingen mulighed for ærefuld fred eller sejr. Planeten er blevet hærget af kemiske og biologiske våben samt endogså atomvåben, og hele den menneskelige race er nedslået og udmattet af krigen. Genetikeren Azuma skaber håb i form af en ”neocelle”. Menneskelige dele kan erstattes uden risiko for afstødning. Men naturen og videnskaben kommer i konflikt med hinanden, og der opstår en ny trussel, der tvinger hele den menneskelige race til at kæmpe en sidste kamp mod sin egen udslettelse.

Flere hundrede år efter slaget ved Dannoura, de Genji og Heike klaner ansigt ud igen i en fattig bjergby med en begravet skat legende. En revolver-svingende fremmed, en enlig gunman, bebyrdet med følelsesmæssige ar og velsignet med utrolig dygtighed, driver ind til byen og krydser stier med to stridende klaner, som er både på jagt efter en skjult skat i en fjerntliggende vestlige by. At kende hans tjenester er værdifulde for begge sider, giver han sig til klanen, der vil tilbyde den største andel af rigdom. Yoshitsune kommandoer hans Genji bande i hvidt, mens Kiyomori fører hans Heike bande i rødt. Forventningerne kolliderer som hovedaktørerne spekulerer hvilken bande pistolmanden vil slutte. Beskidte tricks, forræderi, lyst og endelig, kærlighed, få rodet sammen, da situationen bryder ind i et opgør.

Animationsstudiet bag The Animatrix er ophavsmænd til denne nye visuelt imponerende animerede film, der bygger på den populære japanske manga, som er skrevet af Taiyo Matsumoto. Livet i Treasure Town kan være både let og hårdt. Og det er ikke mindst tilfældet for heltene, Black og White - to gadedrenge, der vogter over byen og kæmper mod en sværm af fortidige Yakuzaer og overjordiske lejemordere, som forsøger at tage magten i byen.

Da den regerende shoguns bestialske bror, Naritsugu, går over stregen i drab og voldtægter, hyres samuraien Shimada til at gøre en ende på udyret. Shimada samler 13 toptrænede samuraier, der skal op mod overmagten i form af Naritsugus hær bestående af mindst 200 mand. Men Shimada har en plan, der kulminerer i et 50 minutter langt vildt, vanvittigt og visuelt opgør, der overgår alt, hvad man tidligere har set i genren.

Efter et voldsomt atomudslip i den fiktive by Nagashima bliver en zone på 20 km fra katastrofeområdet afspærret af et stort hegn: Radioaktivt på den ene side af hegnet, sikkert på den andet. Komisk måske, men snart bliver de, der modsætter sig evakuering, helt isoleret, og de har kun sig selv og hinanden tilbage.