I 'Ninja Assassin' vender en ninja den klan, der har oplært ham, ryggen, hvilket fører til en stor konfrontation.Raizo er en af verdens mest farlige lejemordere. Som barn blev han fjernet fra sin familie, og gennem daglig træning af Ozunu Klanen, et hemmeligt selskab hvis selve eksistens betegnes som en myte, er han nu blevet en erfaren dræber. Men da hans ven bliver henrettet af Klanen, forlader Raizo dem... og forsvinder.Nu venter han kun på sin velforberedte hævn. I Berlin har Europol-agenten Mika Coretti opdaget et spor, der forbinder adskillige politiske mord til et undergrundsnetværk af lejemordere fra det Fjerne Østen.Selv om hendes chef forbyder det, fortsætter Mika med at finde ud af sandheden bag mordene. Hendes undersøgelser gør hende til et mål, og Ozunu Klanen sender et hold lejemordere anført af den dødsensfarlige Takeshi, for at slå hende ihjel.