'Lore' foregår i Tyskland i 1945. Anden Verdenskrig er ved sit sidste kapitel, og den unge kvinde Lore står pludselig alene med ansvaret for sine fire yngre søskende, efter deres nazi-forældre er blevet fjernet af de allierede. Deres situation er intet mindre end håbløs, og for at overleve må den lille familie drage igennem det krigshærgede land for at nå frem til deres bedstemors hjem. På deres vej møder de den unge, karismatiske jøde Thomas, der vender op og ned på Lores verden. Hun er splittet mellem håb og had, men må stole på Thomas, selvom han er indbegrebet af alt, hendes forældre har lært hende at frygte og foragte. Rejsen og mødet med Thomas tvinger børnene til at se den fulde alvor af deres forældres gerninger i øjnene.

Nogle håndværkere gør en uhyggelig opdagelse i en ældre københavnsk lejlighed: Bag en falsk mur i lejligheden finder de tre mumificerede lig siddende omkring et spisebord med en ledig plads klar. Kriminalkommissær Carl Mørck og hans assistent Assad i Afdeling Q bliver sat til at finde ud af, hvem mumierne er og hvem den fjerde plads er tiltænkt. Carl og Assad sætter jagten ind på lejlighedens beboer og finder spor tilbage til den berygtede kvindeanstalt på Sprogø, hvor misrøgt og lægelige forsøg med tvangssterilisering var en fast del af hverdagen for de anbragte, såkaldt utugtige piger. Rædslerne på Sprogø er et overstået kapitel i Danmarkshistorien, men der dukker personer op, som siger, at eksperimenterne er fortsat helt op i vores tid. Carl og Assad indleder et kapløb mod tiden for at forhindre nye mord og overgreb.