Willys bedste ven Jesse arbejder nu sammen med sin læremester Randolph, og deres job går ud på at opspore hvaler i de mest afsidesliggende dele af det nordlige Stillehav. Der bliver Jesse genforenet med sin majestætiske makker på 3 tons og får en ny ven i den 10-årige Max, som deler Jesses store interesse for hvaler. Men Max' far, som er fisker, gemmer på en mystisk hemmelighed, der kan true Willy og hele hans familie. For at bringe dem i sikkerhed må Jesse og Max iværksætte en spændende redningsaktion, hvor venskab, mod og kærlighed er afgørende, hvis den skal lykkes.

Jeff og Amy er på vej gennem ørkenen, da deres bil bryder sammen. Heldigvis får de hurtig hjælp, da en lastbil stopper og tilbyder dem et lift. Amy kører med til nærmeste diner, hvor hun kan ringe efter hjælp, mens Jeff bliver tilbage og passer bilen. Efter lang tids venten begynder Jeff at blive utålmodig og bange. Da han kommer til dineren, har ingen set Amy. Jeff starter en desperat eftersøgning, der lynhurtigt udvikler sig til en voldsom kamp på liv og død.