Filmen foregår i et depressions-ramt London 20 år efter klassikeren Mary Poppins. Barnepigen kommer på besøg igen hos familien Banks, og nu er børnene Jane og Michael blevet voksne.

Den unge Jacob rejser til en lille ø ved Wales’ kyst for at opklare et familiemysterium. På øen møder han en besynderlig pige, som tilsyneladende forsvinder for øjnene af ham. Hun ender dog med at lede ham til Miss Peregrines børnehjem, et mystisk sted der gemmer på masser af hemmeligheder. Snart må Jacob erkende, at der ikke blot findes børn med overnaturlige kræfter: Han spiller selv en vigtig rolle i deres overlevelse.

9. april 1940 angribes Danmark af det nazistiske Tyskland med krav om øjeblikkelig og betingelsesløs kapitulation. Regeringen overgiver sig efter få timer og indleder herefter samarbejde med nazisterne. Men på den anden side af Atlanten sidder Danmarks ambassadør i Amerika, vovehalsen og verdensmanden Henrik Kauffmann, der er villig til at sætte alt på ét bræt. Han nægter at føje de tyske krav og iværksætter i stedet en rebelsk plan for at besejre Hitler og give den danske befolkning friheden tilbage.