Den berømte og berygtede arkæolog og eventyrer Dr. Indiana Jones bliver hyret af dem amerikanske regering til at finde den tabte Ark. Arken skulle efter sigende indeholde enorme okkulte kræfter og vil derfor måske være det ultimative våben i den forestående 2. Verdenskrig. Men Adolf Hitler har også hørt om arken og sender ondskabsfulde lakajer ud for at sikre sig skatten.

Klonkrigene har hærget republikken i tre år, og Jedi-ridderne er tæt på at få fanget lederne af separatiststyrkerne. Mens Obi-Wan sendes på mission for at fange den farlige General Grievous, plages Anakin af drømme om den gravide Padmes død. Fortvivlet søger han hjælp hos Kansler Palpatines, hvis magt over det galaktiske senat øges. Palpatine afslører sin sande dagsorden og Anakin må vælge hvilken side han vil stille sig på.

Den berømte arkæolog Indiana Jones bliver kastet ud i et nyt eventyr, da hans far professor Henry Jones bliver kidnappet af nazister. Indiana Jones' far er nemlig på nippet til at finde Den Hellige Gral, der efter sigende skulle give evigt liv. Nazisterne er på jagt efter Den Hellige Gral, fordi de vil bruge den som det afgørende våben mod de allierede.