Da Imperiet for nys om at oprørerne har gemt sig på isplaneten Hoth, bliver sagen overdraget til Darth Vader. Han sætter en stor landstyrke ind for at knuse oprørshæren, der trods heroisk modstand til sidst må flygte. Han Solo, Prinsesse Leia og droiderne R2-D2 og C-3P0 søger tilflugt på planeten Bespin hos Solos gamle ven Lando Calrissian. I mellemtiden opsøger Luke Skywalker den gamle Jedimester Yoda for at udvikle sine evner og samle kræfter til endnu et slag mod ondskaben.

Da en terrorbombe sprænger en bygning i Dallas, Texas i luften, bliver FBI-agenterne Fox Mulder og Dana Scully draget ind i en farlig sammensværgelse, der langt overstiger det, de før har oplevet. Med tvivlsom assistance fra en paranoid læge, sætter Mulder og Scully deres karrierer og deres liv på spil for at opspore en dødbringende virus, som måske stammer fra det ydre rum - og kan udslette alt liv på Jorden. Deres jagt på sandheden sætter dem op mod det gådefulde Syndikat, magtfulde mænd, der ikke viger tilbage for noget for at bevare deres hemmelighed, og agenterne føres fra en hule i Texas til FBI's egne kontorer og endelig til et hemmeligt anlæg på Antarktis, som gemmer på den største hemmelighed af dem alle.