I 1999 blev atomkraftværket Janjira på mystisk vis destrueret sammen med størstedelen af menneskerne, der arbejdede der, inklusiv supervisoren Joe Brodys kone, Sandra. År senere må Joe's søn, US Navy-officeren Ford, tage til Japan for at hjælpe sin fremmedgjorte far, som stadig leder desperat efter sandheden bag ulykken. Far og søn finder sammen svaret på atomkraftværket, og snart bliver rædslen vakt til live igen. Hele menneskeheden er truet, men måske er Godzilla den eneste, der kan redde os alle sammen?

Alt er godt på Natural History Museum i New York: Tidligere nattevagt Larry Daley står i spidsen for de ”visuelle effekter”, da museet holder en gallamiddag i anledning af deres nye planetarium. Visuelle effekter, som i virkeligheden er museets udstillede dyr og historiske karakterer, der ved hjælp af en magisk tavle vækkes til live om natten. Imidlertid er tavlen ved at miste sin kraft, og midt under gallamiddagen går alle figurerne amok, og de ved efterfølgende ikke, hvad der er sket.

Efter at en bitter sammenbrud efterlader hende og hendes små børn uden støtte, går Anna på arbejde for sin fætter i en massagestue kendt for "lykkelige afslutninger". Så snart hun lærer alle knebne, starter Anna for sig selv.