Nogle ti- til sekstenårige børn vil ikke snydes for deres ferie, selvom fritidshjemmets pædagoger strejker. Efter indbrud og andre ulovligheder tager de til en ubeboet ø i en stjålet båd. Da båden forsvinder, er de overladt til sig selv, og ferien udvikler sig til et mareridt. Gruppepres resulterer i grov vold, der sker ulykker, men de unge oplever også kærligheden.

"Du er ikke alene" foregår på en efterskole for drenge. Den skildrer dels elevernes oprør mod den autoritære forstander, dels et kærlighedsforhold mellem en af drengene og forstanderens søn. Så opstår spørgsmålet: er drengene bare regulært venner, eller krydser de grænsen til så kontroversielt et begreb som kærlighed?

Stilfærdig film om venskabet mellem fire mennesker: en gammel skipper (Karl Stegger), der er gået i land, men ikke rigtig har tilpasset sig det nye liv. En dreng (Morten Jacobsen), der er rendt væk fra sit kolde og identitetsløse betonmiljø. Og en ung kvinde (Agnes Dudas) og en ung mand (Stephan Schwartz), der er flygtet fra hver sit østland.