For over 20 år siden kom en gruppe fremmede væsener fra rummet til jorden. De var flygtninge fra en anden verden, og man gav dem et midlertidigt hjem i Sydafrikas Distrikt 9, mens man diskuterede, hvad man skulle stille op med dem. Da det private selskab MNU forsøger at aktivere væsernes våben, bliver situationen farlig og spændingerne mellem menneskene og de fremmede blusser op.

En efterforsker for specielle forbrydelser danner en usandsynlig bånd med en seriemorder for at nedbringe et globalt syndrom for børnehandel.

U.S. Marshal Mason Pollard er specialist i at "slette" mennesker, der skal gemmes i vidnebeskyttelsesprogrammet. Han får tildelt opgaven at slette Rina Kimura, en gangsterboss' hustru, som har besluttet sig for at udlevere bevismateriale til staten. På vej mod Rinas nye hjem opdager Mason, at de bliver jaget af et team af nådesløse mordere. Han er blevet narret, og nu må Mason gøre alt, hvad han kan, så de ikke begge bliver permanent slettet.