Ages fortid, skoven blev vækket og Månen udløst en hundesulten bæst på Jorden. Mennesket krøb i frygt ... Det har været 300 år siden menneskehedens forstyrrelser af miljø forlod Jorden i ruiner. Nu er resterne af menneskeheden delt som aldrig før. Den smuldrende rester af store byer står i svag sameksistens med den indtrængende skov, og mennesker lever på begge sider af denne brygning konflikt. Unge Agito, søn af en aldrende helt, uforvarende sætter gang i en række katastrofale begivenheder, når han vandrer ind i en forbudt zone af skoven. Han snubler over en kryogen stasis rør indeholdende Toola, en pige, der har en afgørende opgave betroet hende fra fortiden ... Det er en usikker fred i en unaturlig tid. Kun ved at søge deres sjæle og undersøge fortiden, vil Agito og Toola forstå oprindelsen af alle ting og forene menneskeheden med skoven.

Mystiske kræfter er på spil, da Ash og hans venner rejser til Crown City for at deltage i Pokémon Baccer Verdensmesterskabet! Da de tre Legendariske Pokémon Raikou, Entei og Suicune pludselig ankommer og hærger gaderne, er det på til Ash og hans venner sammen med deres nye ven Zorua at afsløre hemmeligheden bag de enorme kræfter, det er på spil. Hvad er det for fremmende og farlige kræfter, der er i Crown City? Hvorfor vender Celebi pludselig tilbage efter at have været forsvundet i tyve år? Og hvorfor har den mægtige Zoroark sluppet sin vrede løs i byen? Har Ash og hans venner nok mod, styrke og sammenhold til at de kan opklare mysteriet i tide og redde Crown City?