Legender støder sammen i "Godzilla vs. Kong", da de to mytiske modstandere mødes i en episk kamp for jordens skæbne. Kong og hans beskyttere tager på en farlig rejse for at finde hans sande hjem og med ham er Jia, en ung, forældreløs pige, som han har dannet et unikt og stærkt bånd med. Men de befinder sig pludselig i vejen for en rasende Godzilla, der skaber kaos og ødelæggelse over alt på sin vej. Det episke sammenstød mellem de to titaner – fremprovokeret af ukendte kræfter – er kun begyndelsen på mysteriet, der ligger begravet dybt inde i jordens kerne.

Efter deres eksplosive opgør skal Godzilla og Kong genforenes mod en kolossal uopdaget trussel gemt i vores verden, der udfordrer deres eksistens – og vores egen.