Efter en frygtelig ulykke går en kvinde frivilligt med til at gøre brug af kunstig intelligens til sin rehabilitering. Men hun ved ikke, hvad går ind til, og mister snart kontrollen over processen, og over sin egen personlighed.

Denne gang skal vi se vor lille åndede vens allerførste år som spøgelse hvor han bl.a. er på flugt fra den onde Kibosh, hans assistent Snivel og den grumme og gyselige trio af gespenster Stretch, Stinkie og Fatso. Men Casper får også en ny ven, og sammen med ham opdager han, at selv om man kun er et lille spøgelse, kan man godt udrette store ting.