Harry og hans datter Heather lever på flugt efter hans kone forsvandt i Silent Hill, jaget af mørke kræfter de ikke helt forstår. Da hendes far pludselig også forsvinder må Heather vende tilbage til Silent Hill og konfrontere den ultimative ondskab!

U.S. Marshal Mason Pollard er specialist i at "slette" mennesker, der skal gemmes i vidnebeskyttelsesprogrammet. Han får tildelt opgaven at slette Rina Kimura, en gangsterboss' hustru, som har besluttet sig for at udlevere bevismateriale til staten. På vej mod Rinas nye hjem opdager Mason, at de bliver jaget af et team af nådesløse mordere. Han er blevet narret, og nu må Mason gøre alt, hvad han kan, så de ikke begge bliver permanent slettet.