En ung træner ved navn Jimmy og hans Typhlosion er på en Pokémon rejse, og deres nyeste Pokémon kamp resulterer i sejr over en anden træner og hans Hitmonlee . I mellemtiden, Team Rocket agenter Attila og Hun er ankommet til en Team Rocket base for at se Miracle Crystal. Denne opfindelse kan lagre elektrisk energi og tiltrække det så godt , herunder el - typen Pokémon . Jimmy, stadig på sin rejse , besøger en Pokémon Center og han løber ind i en gammel ven , Marina, midt i en videosamtale med deres fælles ven Vincent. Marina ønsker at være en træner og en stjerne performer, men da Jimmy fortæller hende, at er umuligt , Marina udfordrer ham til en 2 - på - 2 kamp!

Legenden siger, at den menneskelige race er ikke den eneste dominerende civilisation lever på Jorden. Der findes to andre racer i denne verden: Makai (en dæmon race) og Juujinkai (en halv mand, halv-beast race). Når hver 3000 år vil en højeste væsen kendt som "Choujin" (Overfiend) dukke op og bringe balance i alle tre riger på Jorden. I nutidens Japan, efter 300 års endeløse søgen, en Jujinkai opkaldt Amano Jyaku har opdaget tilstedeværelsen af ​​Choujin inde gymnasiet slacker tatsuo Nagumo. Men nu Amanoùalong med sin søster Megumi og deres sidekick Kurokoùmust beskytte Nagumo og hans nye kæreste Akemi Ito fra Makai, der mener, at Nagumo er ikke Choujin, men en ond enhed opsat på at ødelægge alle levende væsener på Jorden.