Wataha er historien om grænsevagter i Bieszczady-regionen, men også om et sted, der indgyder særlige indstillinger og typer af adfærd. Historien starter med et bombeangreb, der dræber officerer blandt en enhed af grænsevagter ved Bieszczady-bjergene. Kun en af dem overlever. Kaptajn Rebrow (Leszek Lichota) mister sine venner og sin elskede Ewa i angrebet. Han føler sig forvirret og prøver at efterforske angrebet og finde ud af, hvem der står bag bomben. Hans overordnede ønsker også at finde sandheden. Den officielle efterforskning anføres af statsanklagerne.