Tre ustoppelige ninjabrødre, Rocky, Colt og Tum Tum, får sat deres hårde træning på prøve, da de må redde forlystelsesparken Mega Mountain, fra den onde Medusa og hendes slæng.

Marnie, Dylan og Sophie Piper har deres første ud af mange eventyr! På Halloween, mens Marnie skændes med sin mor Gwen, kommer børnenes bedstemor Aggie på besøg. Aggie ønsker at starte Marnies heksetræning inden hendes 13-års fødselsdag, ellers vil Marnie miste sine kræfter for altid. Men der er en anden grund til Aggies besøg. Noget mørkt og ondt vokser i Halloweentown, og Aggie vil have hjælp til at besejre det. Mens Aggie & Gwen skændes, bruger Aggie magi, som Marnie observerer. Efter Aggie tager af sted for at vende tilbage til Halloweentown, følger Marnie, Dylan og, ukendt for Marnie og Dylan, efter hende på returbussen. Kort efter følger Gwen børnene til Halloweentown. Mens de er der, bliver Aggie & Gwen angrebet af den mørke kraft i en biograf. Marnie, Dylan og Sophie ræser om at få ingredienserne til at aktivere Merlins tryllestav for at stoppe ondskaben.

Marnie Piper forbereder sig på at begynde et nyt skoleår, hun beder Halloweentown Hot Witches' Council om at arbejde hen imod åbenhed mellem Halloweentown og den dødelige verden. Hun foreslår at bringe en gruppe Halloweentown-elever til sin egen high school i den jordiske verden.

Cromwell-klanen lever i den virkelige verden, bortset fra deres bedstemor, der bor i Halloweentown, et sted, hvor monstre går for at undslippe virkeligheden. Men nu har sønnen af Cromwells gamle fjende Kalabar en plan om at bruge bedstemoderens bog til at forvandle Halloweentown til en grå trist version af den virkelige verden, mens den forvandler indbyggerne i den virkelige verden til monstre.