Tre ustoppelige ninjabrødre, Rocky, Colt og Tum Tum, får sat deres hårde træning på prøve, da de må redde forlystelsesparken Mega Mountain, fra den onde Medusa og hendes slæng.

Lede og forbryderiske Hugo Snyder kidnapper drengene Rocky, Colt og Tum Tum uden at vide, at rødderne har lært ninjitsu af deres bedstefar. Kidnapningen viser sig at være et fatalt fejltrin, da de tre nyudklækkede ninjaer beslutter sig for at sætter Hugo og hans håndlangere på plads.