Shelter er baseret på Harlan Cobens bestseller-serie af bøger og følger historien om Mickey Bolitar, efter at hans fars død får ham til at starte et nyt liv i en forstad i New Jersey. Da endnu en ny elev forsvinder, bliver Mickey viklet ind i et net af hemmeligheder. Med hjælp fra to nye venner, Spoon og Ema, afslører de en mørk undergrund, der kan rumme svarene på årtiers forsvinden.

Fem geniale venner gør rystende opdagelser på tværs af kontinenter og årtier, mens videnskabens gåder afsløres, og en eksistentiel trussel dukker op.