Unge snigmordere Azumi og Nagara fortsætte deres mission for at forhindre en borgerkrig. I deres jagt på Masayuki Sanada, som er beskyttet af både en hær og en farlig klan, de mødes Ginkaku, en person, der viser en bemærke lighed med tidligere ven Nachi.

Yôji er en ensom ung mand uden venner eller kæreste. Han arbejder på en lille fabrik og er hemmelig forelsket i Sachiko, der arbejder på en anden fabrik på den anden side af floden. I en anden del af byen har mystiske væsener i hemmelighed invaderet Jorden. Parasitter, der angriber den menneskelige organisme og forvandler deres værter til forfærdelige uhyrer, kaldet Necroborgs. Parasitterne slavebinder Necroborg’erne og tvinger dem til at kæmpe mod hinanden til den ene dør - og nu er de ude efter Sachiko.

Ichi er en blind entertainer, der rejser landet med sin traditionelle japanske guitar og stok. Hun er på jagt efter den slags mand, der bragte hende op som barn, men på grund af hendes skønhed hun møder problemer hvert skridt på vejen. Heldigvis for Ichi, hun er også en begavet swordswoman og bærer en dødbringende kniv i hendes stok.

I en dystopisk fremtid er Tokyos politistyrke blevet privatiseret og den nye ordensmagt styrer millionbyen med hård hånd. Men det bobler i underverdenen, hvor der pludseligt er begyndt at dukke morderiske og blodtørstige mutanter op. Med superkræfter og livsfarlige våben udgør de en alvorlig trussel mod byens indbyggere og politi. Men Tokyo Police Corporation har heldigvis deres eget våben: Politichefens plejedatter Ruka. Selvdestruktiv og iskold er hun vokset op som byens mest dødbringende og effektive mutantjæger...

Azumi mister sine forældre under det krigskaos, der hærger Japan i Shogun-perioden. Hun bliver fundet og opfostret sammen med ni andre forældreløse børn af Ji, som bliver deres mester og mentor. Shogunen er ked af, at så mange uskyldige liv går tabt i den meningsløse krig, og han har givet Ji til opgave at oplære dem til lejemordere, som skal udrense krigsherrerne, inden de går i felten. Efter 10 års møjsommelig træning og hård disciplin får Azumi og de ni andre forældreløse til opgave at myrde de mægtige krigsherrer Nagamaso Asano og Kiyomasa Katoh. Inden de skal ud og slagte fjenderne, bliver de sat på en prøve, der får Azumi til at tvivle på sagen. De bliver sat sammen parvis og får besked på at kæmpe, indtil den ene dør. Azumi og hendes venner fortsætter ufortrødent med at kæmpe uden anelse om, hvilke frygtelige blodsudgydelser der venter dem forude...