Tusind dage er gået, siden Godzilla forsvandt i dybet. Tokyos indbyggere frygter stadig monstrets tilbagevenden, men i stedet kommer der andre uventede gæster fra fremtiden. Videnskabsmænd ankommer i en tidsmaskine med en foruroligende desked: Om 200 år vil Godzilla vende tilbage, og denne gang vil det lykkes for ham at tilintetgøre verden! Nøglen til redning kan endnu længere tilbage i tiden, nemlig dengang da monstret blev skabt. Kan man slette Godzilla fra fremtiden, truer han ikke fremtiden længere. Men i stedet rammes verden af en anden frygtelig fare: Det trehovedede uhyre King Ghidorah!