Filmen er centreret om Asuna, en ung pige, der tilbringer sine ensomme dage lytter til den mystiske musik fra krystal radio hun modtog fra sin afdøde far som en souvenir. En dag, mens du går hjem, hun bliver angrebet af et frygtindgydende monster og gemt mystisk dreng ved navn Shun. Men Shun forsvinder og Asuna begiver sig ud på en oplevelsesrejse til landet Agartha med hendes lærer Mr. Morisaki at møde en Shun igen. Gennem hendes rejse kommer hun til at kende den grusomhed og skønhed af verden, såvel som tab.

Takaki og Akari er to klassekammerater i folkeskolen. I løbet af deres tid sammen er de blevet nære venner. Deres forhold er testet når Akari flytter til en anden by på grund af forældrenes job. Både af dem kæmper for at holde deres venskab i live, da tid og afstand langsomt trækker dem fra hinanden. Når Takaki finder ud af, at han bevæger sig længere væk, beslutter han sig for at besøge Akari en sidste gang.

Your Name følger den unge gymnasiepige Mitsuha. Hun er træt af at bo på landet og ønsker inderligt, at hun var en flot dreng fra Tokyo. Det ønske går på magisk vis i opfyldelse, og i bedste Freaky Friday-stil bytter hun krop med drengen Taki, som går på gymnasiet i Tokyo. Sådan bytter de tilværelse frem og tilbage, og med tiden lærer de at kommunikere med hinanden ved at efterlade sedler og beskeder på hinandens mobiltelefoner. De to teenagere ender med at hjælpe hinanden gennem deres unikke egenskab. Mitsuha hjælper Taki med hans kærlighedsliv, og Taki gør Mitsuha bedre i skolen.